SKIPOS heeft een bestuur van 5 leden. De sturingsfilosofie kenmerkt zich als beleidsbepalend en toezichthoudend.  Het bestuur bestuurt op hoofdlijnen, maar is wel betrokken bij het reilen en zeilen van de organisatie. De dagelijkse leiding van de stichting is in handen van de algemeen directeur, aan wie beleidsvoorbereidende en uitvoerende bestuurstaken zijn gemandateerd. De algemeen directeur wordt bijgestaan door directeuren met staftaken met de portefeuilles financiën en huisvesting/materiële zaken. De algemeen directeur vervult tevens de functie van schakel tussen bestuur en de directeuren van de scholen. De scholen van de stichting zijn zelfstandig en hebben allen een integraal verantwoordelijke directie. Door samenwerking op bovenschools niveau ondersteunen en versterken de scholen elkaar. De directeuren maken deel uit van het directieoverleg SKIPOS (DOS), onder leiding van de algemeen directeur. De beleidsvoorbereiding wordt uitgevoerd onder verantwoordelijkheid van de algemeen directeur, die daarbij wordt bijgestaan door de directeuren van de scholen.

SKIPOS waarborgt dat er zoveel mogelijk autonomie op schoolniveau blijft. De individuele scholen krijgen de ruimte om binnen de algemene kaders een eigen beleid te ontwikkelen. Wat op schoolniveau geregeld kan worden moet ook daar geregeld worden, terwijl schooloverstijgende zaken thuishoren bij bestuur en directieoverleg. De bestuurlijke organisatie is zo ingericht dat de collectieve belangen van de scholen worden behartigd, zonder daarbij de individuele belangen van de scholen uit het oog te verliezen.

In december 2002 zijn vijf grote schoolbesturen* voor Primair Onderwijs een samenwerkingsovereenkomst aangegaan onder de naam Dommelnetwerk. De overeenkomst werd gesloten om daarmee mede vanuit het streven naar verhoging van de kwaliteit van het onderwijs een aantal zaken samen te brengen, gezamenlijk aan te pakken in bovenbestuurlijke samenwerking, om zo te komen tot een grotere efficiency, effectiviteit en hoger niveau van professionaliteit.In juli 2009 heeft deze samenwerking een vervolg gekregen in de oprichting van de Coöperatieve Dommelgroep U.A. De samenwerking in de Dommelgroep heeft de afgelopen jaren een aantal concrete resultaten opgeleverd o.a.: Opzetten van een Vervangerspool en een kweekvijver voor managementtalent, nauwe samenwerking op het gebied van ICT / bij de voorbereiding op lumpsum / met PABO’s in het Regionaal Educatief Platform / bij het afsluiten van voordeelcontracten / op het gebied van kennisuitwisseling en bestuurlijke samenwerking.

*) Het betreft de volgende vijf schoolbesturen: Stichting Sint Christoffel (Boxtel), Leijestroom (Vught), SKIPOS (Sint-Michielsgestel),  SKOPOS (Schijndel) en SKOSO (Sint-Oedenrode), met ruim met 40 scholen, een kleine 1000 personeelsleden en bijna 10.000 leerlingen. De Dommelgroep bestrijkt het gebied in de Meierij dat is gelegen tussen de stedelijke gebieden 's-Hertogenbosch (noorden) en Eindhoven/Son en Breugel (zuiden).